系统发育树中的簇

Rgeek 发表于 Dev

Rgeek

我有一棵系统发育树，其中显示了基因以及它们如何聚集在一起。使用欧几里得距离矩阵和ape封装对其进行绘制。有关更多详细信息，请参见前面的链接。

这是我的数据（gg.txt），已转换为基因矩阵。

ID  gene1   gene2

1   ADRA1D  ADK
2   ADRA1B  ADK
3   ADRA1A  ADK
4   ADRB1   ASIC1
5   ADRB1   ADK
6   ADRB2   ASIC1
7   ADRB2   ADK
8   AGTR1   ACHE
9   AGTR1   ADK
10  ALOX5   ADRB1
11  ALOX5   ADRB2
12  ALPPL2  ADRB1
13  ALPPL2  ADRB2
14  AMY2A   AGTR1
15  AR  ADORA1
16  AR  ADRA1D
17  AR  ADRA1B
18  AR  ADRA1A
19  AR  ADRA2A
20  AR  ADRA2B

生成树的最终代码是：

library(ape) 
tab=read.table("gg.txt",header=TRUE, stringsAsFactors=FALSE)
gene.names <- sort(unique(c(tab[,"gene1"],tab[,"gene2"])))
gene.matrix <- cbind(matrix(0L,nrow=length(gene.names),ncol=length(gene.names)))
colnames(gene.matrix) <- c(gene.names)
rownames(gene.matrix)<- c(gene.names)
gene.matrix[as.matrix(tab[-1])] <- 1

##calculating distances

d <- dist(gene.matrix,method="euclidean")
fit <- hclust(d, method="ward")
plot(as.phylo(fit))

我们可以看到有四个大集群形成。ALOX5，AR和ALPPL2组成一个集群。ADRA1A，ADRA1B，ADRA1D，AGTR1组成另一个集群。类似地，还有两个集群。有什么办法可以将此信息放在表格中，例如下面的示例？有没有可用的软件来做到这一点？

GENE   CLUSTER

ALOX5    1
AR       1
ALPPL2   1
ADRA1A   2
ADRA1B   2
ADRA1D   2
AGTR1    2
..
..
..

我只显示了20行，但是我却显示了21k行，所以这才是主要问题。

Rgeek

按照@JTT cutree效果很好！这就是我一直在寻找的东西。

cut =cutree(fit,k=5)

cut

ACHE    ADK ADORA1 ADRA1A ADRA1B ADRA1D ADRA2A ADRA2B  ADRB1  ADRB2  AGTR1  ALOX5 ALPPL2  AMY2A     AR  ASIC1 
 1      1      1      2      2      2      1      1      3      3      2      4      4      1      5      1

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