用R中的链接绘制系统发育树

user2861089 发表于 Dev

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我想使用该ape软件包在R中绘制彼此相对的两个系统发育树。一棵树有40个节点，一棵树有26个节点：

library(ape)
tree1 <- rtree(40)
tree2 <- rtree(26)

该cophyloplot函数使用指定的链接面对面绘制这些图形。

我在指定链接时遇到问题。

请注意，在我实际的nexus树文件中，提示标签是文本（如果需要，我不确定如何将其更改为数字...）。

链接应如下所示：

如果在链接tree1文件中，序列的末端标签为1-40。在tree2关系文件中，尖端标签为1-26。然后链接应该是：

a <- c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36,37,38,39,40)
b <- c(14,1,4,1,9,12,2,10,6,3,13,5,14,15,18,19,19,7,14,9,10,11,25,22,21,16,23,24,26,17,1,12,12,21,15,16,21,8,20,21) 
association <- cbind(a, b)

（即序列1 intree1与序列14 in链接tree2）

因此，我使用类似这样的方法来绘制树：

cophyloplot(tree1, tree2, assoc=association,length.line=4, space=28, gap=10, rotate=TRUE)

并计算距离矩阵：

dist.topo(tree1, tree2, method = "PH85")

我不太确定我在哪里出问题了。任何帮助，将不胜感激！

读

要绘制树木，请尝试此

library(ape)
set.seed(1)

# create trees
tree1 <- rtree(40)
tree2 <- rtree(26)

# modify tip labels
tree1$tip.label <- sub("t", "", tree1$tip.label, fixed = T)
tree2$tip.label <- sub("t", "", tree2$tip.label, fixed = T)

# create associations matrix 
a <- as.character(c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36,37,38,39,40))
b <- as.character(c(14,1,4,1,9,12,2,10,6,3,13,5,14,15,18,19,19,7,14,9,10,11,25,22,21,16,23,24,26,17,1,12,12,21,15,16,21,8,20,21)) 
association <- cbind(a, b)

# plot
cophyloplot(tree1, tree2, assoc = association, length.line = 4, space = 28, gap = 3)

在此处输入图片说明