我试图在目录中几个文件的内容中执行一些grep并将我的grep匹配附加到一个文件中，在我的输出中，我还想要一列同时具有文件名以了解从哪个文件中选择了该条目向上。我试图将awk用于相同的功能，但是没有用。
for i in *_2.5kb.txt; do more $i | grep "NM_001080771" | echo `basename $i` | awk -F'[_.]' '{print $1"_"$2}' | head >> prom_genes_2.5kb.txt; done
文件名是这样的，我大约有50个文件
48hrs_CT_merged_peaks_2.5kb.txt
48hrs_TAMO_merged_peaks_2.5kb.txt
72hrs_TAMO_merged_peaks_2.5kb.txt
72hrs_CT_merged_peaks_2.5kb.txt
5D_CT_merged_peaks_2.5kb.txt
5D_TAMO_merged_peaks_2.5kb.txt
每个文件内容多行
chr1 3663275 3663483 14 2.55788 2.99631 1.40767 NM_001011874 -
chr1 4481687 4488063 264 7.85098 28.25170 26.41094 NM_011441 -
chr1 5008006 5013929 243 8.20677 26.17854 24.37907 NM_021374 -
chr1 5578362 5579949 65 3.48568 7.83501 6.57570 NM_011011 +
chr1 5905702 5908002 148 5.84647 16.53171 14.88463 NM_010342 -
chr1 9288507 9290352 77 4.04459 9.12442 7.77642 NM_027671 -
chr1 9291742 9292528 142 5.74749 16.21792 14.28185 NM_027671 -
chr1 9535689 9536176 72 4.45286 8.82567 7.29563 NM_021511 +
chr1 9535689 9536176 72 4.45286 8.82567 7.29563 NM_175236 +
chr1 9535689 9536176 72 4.45286 8.82567 7.29563 NR_027664 +
当我得到一个匹配项时，"NM_001080771"我将该行的全部内容打印到一个新文件中，对于每个文件，此操作都已完成并将匹配项附加到一个输出文件中。我还想在最终输出中添加一个如上所示的文件名列，以便知道从哪个文件获取条目。
期望的输出
chr4 21610972 21618492 193 7.28409 21.01724 19.35525 NM_001080771 - 48hrs_CT
chr4 21605096 21618696 76 4.22442 9.32981 7.68131 NM_001080771 - 48hrs_TAMO
chr4 21604864 21618713 12 1.78194 2.36793 1.25883 NM_001080771 - 72hrs_CT
chr4 21610305 21615717 26 2.90579 4.47333 2.65353 NM_001080771 - 72hrs_TAMO
chr4 21609924 21618600 23 2.63778 4.0642 2.33685 NM_001080771 - 5D_CT
chr4 21609936 21618680 30 5.63778 3.0642 8.33685 NM_001080771 - 5D_TAMO
这是行不通的。我想基本上添加一列，其中文件名也应添加为第一列或最后一列的条目。怎么做？
只要文件数量不多，为什么不这样做：
grep NM_001080771 *_2.5kb.txt | awk -F: '{print $2,$1}'
如果您有太多文件无法使用，这是一种基于脚本的方法，该方法使用awk附加文件名：
#!/bin/sh
for i in *_2.5kb.txt; do
< $i grep "NM_001080771" | \
awk -v where=`basename $i` '{print $0,where}'
done
./thatscript | head > prom_genes_2.5kb.txt
在这里，我们使用awk的-v VAR=VALUE命令行功能来传递文件名（因为我们使用的是stdin，因此awk的内置FILENAME变量没有任何用处）。
您还可以在@karakfa的优雅的awk-only方法周围使用这样的循环：
#!/bin/sh
for i in *_2.5kb.txt; do
awk '/NM_001080771/ {print $0, FILENAME}' $i
done
最后，这是一个需要修改文件名的版本：
#!/bin/sh
for i in *_2.5kb.txt; do
awk -v TAG=${i%_merged_peaks_2.5kb.txt} '/NM_001080771/ {print $0, TAG}' $i
done
（这使用shell的变量替换从的末尾${variable%pattern}开始修剪）patternvariable
猜测您将来可能要搜索其他字符串，那么为什么我们不像这样传递搜索字符串：
#!/bin/sh
what=${1?Need search string}
for i in *_2.5kb.txt; do
awk -v TAG=${i%_merged_peaks_2.5kb.txt} /${what}/' {print $0, TAG}' $i
done
./thatscript NM_001080771 | head > prom_genes_2.5kb.txt
或者，如果您出于病态的需要而使事情变得过于复杂和繁琐，甚至在5行“ throwaway”脚本中也是如此：
#!/bin/sh
shopt -s nullglob
what="${1?Need search string}"
filematch="*_2.5kb.txt"
trimsuffix="_merged_peaks_2.5kb.txt"
for filename in $filematch; do
awk -v tag="${filename%${trimsuffix}}" \
-v what="${what}" \
'$0 ~ what {print $0, tag}' $filename
done
本文收集自互联网，转载请注明来源。
如有侵权，请联系[email protected] 删除。
我来说两句