如何打印蛋白质序列的第一次出现？对于这个查询，我得到四个结果，我只想要第一个。
use Bio::DB::GenBank;
use Bio::DB::Query::GenBank;
$query = "LEGK";
$query_obj = Bio::DB::Query::GenBank->new(
-db => 'protein',
-query => $query
);
$gb_obj = Bio::DB::GenBank->new;
$stream_obj = $gb_obj->get_Stream_by_query( $query_obj );
while ( $seq_obj = $stream_obj->next_seq ) {
# do something with the sequence object
print
">$query", ' ',
$seq_obj->display_id, ' ',
$seq_obj->desc, "\n",
$seq_obj->seq[, '\n';
那个while循环应该是这样的
while ( $seq_obj = $stream_obj->next_seq ) {
# do something with the sequence object
print $seq_obj->display_id, "\t", $seq_obj->length, "\n";
}
我在您的代码段中看到的主要问题是它无法编译。放在use strict; use warnings;所有 perl 程序的开头。这将提醒您注意语法错误。
我对生物学知之甚少，但是，您正在迭代序列对象，然后用 $seq_obj->seq[,'\n'
首先，调用一个函数，使用()，而不是[]，[]指示数组的引用。其次，seq似乎是用来设置或获取序列值的，我看不出怎么'\n'会是一个有效值。
所以
while ($seq_obj = $stream_obj->next_seq) {
print join(' ', $seq_obj->display_id, $seq_obj->desc)."\n"; # or use 'say'
print $seq_obj->seq() . "\n";
}
应该打印所有序列。要获得第一个，只需不要遍历所有结果（这就是我理解您的问题的方式）：
将 while (){} 替换为：
my $first_seq_obj = $stream_obj->next_seq;
print join(' ', $first_seq_obj->display_id, $first_seq_obj->desc)."\n"; # or use 'say'
print $first_seq_obj->seq() . "\n";
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